Unabhängig davon mobilisierte eine Antifakoordination, der es weniger um das Ansehen der Stadt, als um die Verhinderung rechter Aktionen ging. Sie lehnte aber auch einen Schulterschluss mit den Islamisten ab und fanden auch in der Mobilisierungsphase noch Zeit zum Differenzieren . So betonten sie, dass die Bewegung Pro Köln "nicht nur irgendwie aktualisierte Naziideologie, sondern durch die Anrufung einer gemeinsamen europäisch-abendländischen Kultur eine reaktionäre Antwort auf die kapitalistische Globalisierung" vertrete.
Daneben haben die Kongressgegner auch deutlich gemacht, dass der Feind ihres Feindes noch lange nicht ihr Freund ist und ein Widerstand gegen den rechten Kongress keine Zustimmung zum Islam oder gar zum Islamismus bedeutet. Allerdings war die Kritik am Islam ausgerechnet dann, wenn die Rechten auch mobilisieren, in Antifakreisen nicht unumstritten.